Les textes ne précisent pas si l'actuelle province du Phú Yên a constitué un royaume à part entière ou si ce territoire était intégré aux puissants États voisins, le Vijaya ou le Kauthara. Néanmoins, la présence de vestiges d'une ancienne citadelle à Thành Hồ pourait indiquer qu'il y avait là une cité-État cham.

Après la chute de Vijaya, en 1471, la frontière entre le Đại Việt et le Champa est établie au nord de l'actuel Phú Yên. La chute de Viyaja signifie ici la défaite du royaume de Vijaya et non celle du Champa tout entier puisque les États cham du Sud restent indépendants après 1471. Le fait que la province de Phú Yên n'est pas été annexée après 1471 avec le royaume de Vijaya signifierait donc qu'elle était associée ou était dépendante des pays cham du Sud.

En 1611, les Cham envahissent à plusieurs reprises le Quảng Nam. Les Việt repoussent les attaques cham et occupent toute la région comprise entre les cols de Cù Mông et de Thạch Bi qui devient la préfecture (phủ) de Phú Yên. En 1629, la préfecture de Phú Yên devient la province frontalière (dinh) de Trấn Biên et sa frontière est déplacée jusqu'au cap Varella.

En 1653, les Cham tenteront de reprendre le Phú Yên mais leur défaite va se traduire par l'annexion définitive du Phú Yên mais aussi de l'actuelle province de Khánh Hòa.

Les Bahnar qui vivent dans la partie montagneuse du Phú Yên pourraient être des anciens habitants du Champa côtier réfugiés dans les hauteurs après l'arrivée des Việt.

Les vestiges cham de la province de Phú Yên sont peu nombreux. Ce sont, d'après les travaux d'Henri Parmentier :
- une roche, dite Đá Bia, au cap Varella, appelée par les Cham Lingaparvata,
- les vestiges d'un ancien temple cham au niveau de la pagode de Phước Tịnh,
- la citadelle de Thành Hồ,
- le groupe de Tháp Nhạn, seule tour cham encore intacte dans la province,
- les inscriptions de Chợ Đinh,
- des vestiges sur l'île de Hòn Chùa,
- un fragment de tympa sculpté à Lỏng Buch.